1、分離方法適用于哪些種類樣品中的外泌體提取?
可用于細(xì)胞上清液、血清、血漿、尿液及其他低密度體液(如腦脊液、腹水、羊水、乳汁、唾液等)的外泌體提取。
2、樣品在提取外泌體之前是否可以低溫保存?
可以。血樣、尿樣、體液等,需要攢齊了一起提取,或者同一個(gè)患者的樣本多次提取。凍存前,首先要離心去除細(xì)胞和血小板,再將樣品分裝凍存于-20或-80℃。但如果有條件最好還是用新鮮樣品立即進(jìn)行提取。長(zhǎng)期請(qǐng)保存于-80℃,無(wú)須加凍存液;短期(1-2天內(nèi))則保存于4℃即可。
3、外泌體提取后是否可以凍存?
可以。使用硅化E.P.管或凍存管,減少exosome的粘附。Exosome能夠承受反復(fù)凍融,建議分裝,避免多次反復(fù)凍融。對(duì)于一些功能性實(shí)驗(yàn),建議不要凍存,直接使用新鮮提取或保存在4℃懸浮于PBS 中的exosome。4℃保存不超過(guò)一周,-80℃條件下可長(zhǎng)期保存。
4、需要從血漿中分離外泌體,可以使用肝素或EDTA管去收集血液樣本嗎?
不可以。肝素將會(huì)大大損害接下來(lái)的RNA實(shí)驗(yàn)。EDTA也許會(huì)干擾PCR 實(shí)驗(yàn)。使用無(wú)肝素?zé)oEDTA管去收集血液樣本。立即離心樣品收集血漿用于exosome分離。如果必須使用抗凝劑,用EDTA管收集血液。如果有必要的話在接下來(lái)的PCR反應(yīng)中調(diào)整Mg++的濃度。采血管的選擇:血漿(plasma):紫蓋采血管;血清(serum):黃蓋采血管(促凝管或促凝管帶分離膠)。
5、粘度過(guò)大的樣品如何處理?
如果樣品粘度過(guò)大時(shí)(因細(xì)胞分泌物較多所致),可將樣品用1×PBS緩沖液進(jìn)行等體積稀釋。
6、培養(yǎng)細(xì)胞時(shí),如何去除血清來(lái)源的外泌體?
多數(shù)情況下,細(xì)胞在體外培時(shí)養(yǎng)需要血清,而血清中一般都含有外泌體,為避免血清對(duì)細(xì)胞外泌體的污染,可采用以下兩種方法:
(1)將細(xì)胞培養(yǎng)用的血清通過(guò)1×105g超速離心10h以去除血清外泌體;
(2)選擇無(wú)血清培養(yǎng)基進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)。
7、無(wú)外泌體血清培養(yǎng)基(或者無(wú)血清培養(yǎng)基)在什么時(shí)候使用?
細(xì)胞在正常含血清的培養(yǎng)基中培養(yǎng)一定的時(shí)間后,細(xì)胞融合度約為60%-70%時(shí),移去原有含血清的培養(yǎng)基,換成新鮮的無(wú)外泌體血清培養(yǎng)基(或者無(wú)血清培養(yǎng)基),繼續(xù)培養(yǎng)24-48h,細(xì)胞融合度達(dá)到80%-95%左右時(shí)收取上清,該上清液即可用于提取外泌體。
8、細(xì)胞培養(yǎng)過(guò)程中的死細(xì)胞是否會(huì)影響外泌體的提取?
會(huì)的。在收獲細(xì)胞時(shí),應(yīng)確定死亡細(xì)胞占比不超過(guò)5%。細(xì)胞凋亡/死亡過(guò)程中會(huì)釋放大量大小不等的囊泡,它們?cè)谕饷隗w的提取純化過(guò)程中會(huì)污染活細(xì)胞產(chǎn)生的外泌體。
9、如何鑒定提取的外泌體?
通常使用透射電鏡檢測(cè)(形態(tài))、粒徑檢測(cè)(大小)、Western blot檢測(cè)等方法鑒定提取的外泌體。在進(jìn)行Western blot檢測(cè)時(shí),通常檢測(cè)外泌體標(biāo)志蛋白(CD63、CD9、CD81、TSG101等)。
10、準(zhǔn)備做細(xì)胞外泌體Small RNA的NGS測(cè)序,初始樣品量需要準(zhǔn)備多少?
普通腫瘤細(xì)胞系推薦使用40mL以上的初始樣品量。由于某些細(xì)胞(如懸浮細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞等)中外泌體含量比較低,建議先通過(guò)10kD超濾柱濃縮,準(zhǔn)備40mL以上的濃縮液再進(jìn)行超速離心分離外泌體。
11、進(jìn)行外泌體RNA RT-PCR實(shí)驗(yàn)推薦什么內(nèi)參?
取決于具體樣品,可以選擇外源添加cel-miR-39-3p,或內(nèi)源U6、SNORD61、SNORD68、SNORD72作為內(nèi)參。
12、提取的外泌體進(jìn)行Western blot前是否需要加入RIPA試劑裂解?
需要,一般按照1:1的比例加入RIPA試劑。
13、進(jìn)行外泌體Western blot鑒定時(shí)有無(wú)內(nèi)參蛋白可供選擇?
無(wú),該檢測(cè)屬于定性檢測(cè)。
14、組織細(xì)胞外泌體如何提???
無(wú)菌環(huán)境下將組織剪成小塊(越小越好),然后在無(wú)血清的培養(yǎng)基中培養(yǎng)12h;將培養(yǎng)液轉(zhuǎn)移至離心管中,于4℃以3000g離心20 min去除培養(yǎng)液中雜質(zhì)和細(xì)胞碎片,將上清液轉(zhuǎn)移至新的離心管中;先使用0.45μm濾器過(guò)濾上清液,接著使用0.2μm濾器過(guò)濾上清液,再進(jìn)行超速離心分離外泌體。
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